La documentacion completa la podemos encontrar en http://www.j2ee.me/j2se/1.4.2/docs/tooldocs/windows/keytool.html

pero de forma rápida, para añadir un certificado basta con ejecutar el siguiente comando


keytool -import -alias joe -file jcertfile.cer

y si queremos especificar un keystore en particualr

keytool -import -keystore cacerts -alias joe -file jcertfile.cer

saludos